Trong Populous: The Beginning, người chơi điều khiển một nữ shaman và cả bộ lạc đều thần phục cô ta.[4] Không giống như các phần trước đây trong dòng game, The Beginning cho phép người chơi điều khiển trực tiếp hành động của tín đồ, bằng cách ra lệnh cho họ xây dựng nhà cửa hoặc tấn công kẻ thù.[5] Trong phần chơi chiến dịch, người chơi phải chiến đấu với các bộ lạc đối địch gồm Dakini, Chumara và Matak để giành quyền thống trị hệ Mặt Trời.[6] Các bộ lạc đối địch cũng có shaman, và ở các cấp độ sau này đều sống cùng một thế giới. Mặc dù mục tiêu gần như luôn luôn là loại bỏ tất cả các thành viên của các bộ lạc khác, nhưng thường có những cách cụ thể để đạt được mục đích.[4] Đôi khi, người chơi phải sử dụng các phép thuật thu được từ việc thờ cúng tại các thánh tích đặc biệt như những tượng đầu đá hoặc "Kho chứa Kiến ​​thức" (Vaults of Knowledge);[7] trong các trường hợp khác, người chơi chỉ cần áp đảo kẻ thù với số lượng quân vượt trội. Trò chơi không có quản lý tài nguyên chính thức; các đơn vị quân mới được tạo tự động tại nhà, và việc huấn luyện quân mới không tốn gì ngoại trừ mana. Chỉ gỗ từ cây là cần thiết để xây dựng các công trình mới.[8]

Trò chơi được chơi từ góc nhìn của người thứ ba với camera ở độ cao hay thay đổi và có khả năng xoay 360°, cho phép người chơi nhanh chóng di chuyển trên địa hình của hành tinh. Trong khi cấu trúc theo kiểu tô pô học của địa hình là một hình xuyến, bản đồ được chiếu cục bộ lên một quả cầu để tạo ảo giác về một hành tinh. Trên bản đồ không có sương mù chiến tranh, người chơi dễ dàng thấy đối thủ đang làm gì bất cứ lúc nào. Hỗ trợ mở rộng cho khả năng tăng tốc 3D cho phép người chơi xem khung cảnh trong game ở gam màu 16-bit hay 32-bit.[9] Phong cảnh và xây dựng cấu trúc thời gian thực và chuyển động của những tín đồ cũng được hiển thị sinh động.

Người chơi ra lệnh cho các loại tín đồ khác nhau, mỗi loại đều có ưu điểm và nhược điểm trong chiến đấu. Đơn vị cơ bản nhất là Brave, chuyên xây dựng túp lều, tháp canh và công trình quân sự. Brave được huấn luyện để trở thành các đơn vị quân khác: Warrior cận chiến kiên cường; Firewarrior yếu ớt giỏi bắn cung; Preacher, cải đạo các đơn vị quân của địch và ngăn chặn đơn vị này của đối phương cải đạo quân mình; và Spies, thực hiện các chức năng gián điệp.[3] Shaman trông yếu hơn về thể chất so với các chiến binh, nhưng lại có thể sử dụng phép thuật mạnh mẽ và dễ dàng tái sinh nếu bị giết.[8] Một số phép thuật sẽ biến mất sau khi sử dụng. Các phép thuật khác có thể từ từ được nạp đầy để tiếp tục sử dụng; tốc độ tái tạo phép thuật phụ thuộc vào số lượng tín đồ của người chơi. Ví dụ về các loại phép thuật bao gồm "Landbridge", làm nổi đáy biển để tạo ra những cây cầu trên biển; "Swarm", gửi một đàn côn trùng để gieo rắc sự hỗn loạn trong hàng ngũ quân thù; và "Tornado", tạo ra một cơn bão để phá hủy các tòa nhà. Tổng cộng có hai mươi sáu phép thuật trong game,[3] được học từ từ trong suốt phần chơi chiến dịch.[4]

Populous: The Beginning hỗ trợ nhiều người chơi, bằng kết nối modem (giới hạn ở hai người chơi), IPX, hoặc qua Internet thông qua dịch vụ tổ chức trận đấu bên ngoài. Populous: The Beginning cho phép kích cỡ màn chơi tối đa lên đến bốn người chơi chơi với nhau.[1]